A finales del siglo XV, la Marquesa de Cádiz, señora de Marchena, Dª. Beatriz de Pacheco, viuda de D. Rodrigo Ponce de León, mando edificar un hospital en la villa de Marchena, llamado San pedro Apóstol, en casa donada por la familia Saavedra. Y fue deseo, tanto de la Señora Marquesa, como del capellán de dicho hospital, que el altar de su iglesia, lo presidiera un Crucificado.

Sobre la venida a Marchena de este Crucificado, existe una bella leyenda recogida en un manuscrito del siglo XIX, en el cual se da cuenta de que dicha Imagen fue esculpida por Nicodemo y traída a Marchena por dos ángeles en forma de mancebos, los cuales desaparecieron del Hospital donde se alojaron al día siguiente de su llegada.

Se sabe por la historia manuscrita, que fueron tantos milagros que le atribuirán sus devotos, que estos fundaron una hermandad de luz una vez desaparecido el hospital, cuyas reglas fueron aprobadas por el diocesano el 16 de Enero de 1.556, teniendo dicha Hermandad su residencia en el Convento de San Pedro Mártir de la Orden de los Dominicos. Años mas tarde, concretamente el 18 de Enero del año 1.561 le fueron aprobadas nuevas reglas, convirtiéndose en Cofradía de Penitencia de luz y sangre, con el título de Cofradía del Santo Crucifijo, siendo su fundador y primer rector el vecino de Marchena D. Francisco Vázquez. Entre sus fines, además del penitencial, destacan la ayuda al hermano enfermo y necesitado, casar a una huérfana y redimir un cautivo en tierra de moros. Durante sus primeros años la Cofradía hizo estación de penitencia a las doce de la noche del Jueves Santo.

En mayo del año 1.806 presentó ante el Real Consejo de Castilla nuevas reglas, conforme a las disposiciones entonces vigentes, las cuales fueron aprobadas el 20 de Marzo de 1.817, habiendo tenido para ello algunas dificultades, recomendándose el Consejo unirse a la Sacramental.

En el año 1.827 le fueron concedidas por el Santo Padre León XII Sumario de Indulgencias, quedando incorporada perpetuamente a la Archicofradía del Santísimo Sacramento que se hay erigida canónicamente en el Convento de Minerva del Sagrado Orden de Predicadores de la ciudad de Roma, concediéndose todas las indulgencias y privilegios que ésta tiene, así como el título de Archicofradía del Santísimo Sacramento. El titulo de Real lo adquiere la Hermandad años mas tarde, posiblemente a mediados del siglo pasado, que es cuando aparece la Corona Real en su Escudo. En cuanto al primitivo del Santo Crucifijo, parece ser que el pueblo le llamaba Señor de San Pedro, o Cristo de San Pedro, por haber aparecido en el hospital de ese nombre. La Hermandad, desde su fundación, siempre ha permanecido en la Iglesia de San Pedro Mártir , vulgo de Santo Domingo, en una capilla junto a la de Nuestra Señora del Rosario, situada en la parte lateral izquierda de la nave principal del templo, capillas que se derrumbaron en 1.911 debido al mal estado que se encontraba, por lo que hubo de colocar los retablos en la nave central, en los arcos que daban entrada a los que fueron sus capillas, tal como hoy pueden verse.

Hemos de señalar que Santo Domingo durante el tiempo que permanecieron en 61 los dominicos,1.517?1.836, fue el templo de mayor vida espiritual de Marchena. Durante la invasión de los franceses, el convento, sirvió de cuartel a las tropas. En mayo de 1.936 fue asaltado y saqueado, convirtiéndolo en «Casa del Pueblo», salvándose las imágenes al ser ocultadas durante ocho meses por el hermano D. Manuel López Osuna en su casa de la calle Méndez Núñez 11. La vieja leyenda de la llegada de los Ángeles a Marchena, nuevamente recobra vida, por aquellos dias, se decía en secreto entre los hermanos y devotos, que los Ángeles habían vuelto para llevarselo a un lugar seguro.

La noche del Viernes Santo del año 1.943, faltando poco para entrar el Señor, junto a la hornacina que tiene a espalda de Santo Domingo, ocurrió un hecho desgraciado y emotivo a su vez, que conmovi6 a todos los allí presentes: el dosel y la Cruz quedaron enganchados en unos cables, partiéndose la Cruz por los pies del Señor, cayéndose sobre el monte del paso, sin que milagrosamente le ocurriera daño alguno de consideración a la venerada Imagen.

En conmemoración de este hecho, todos los años y en acción de gracias, celebra la Hermandad el Domingo de Resurrección un Tedeum y un devoto besapies, acudiendo y desfilando el pueblo de Marchena en masa, siendo ese día cientos y miles las personas de toda condición que se arrodillan y besan sus amoratados pies.

De enorme importancia para el engrandecimiento de la Hermandad, ha sido la donación en usufructo concedida por el Señor Cardenal Don José Maria Bueno Monreal por decreto de marzo de 1.978 del templo de San Pedro Mártir, destacándose por ello, las valiosísimas gestiones realizadas por el que fue Director Espiritual de la Hermandad y Párroco de San Sebastián, Don Manuel Barrera Ortega, terminando de una vez y para siempre con la incertidumbre a inseguridad que pesaba sobre la Hermandad desde la exclaustración de los dominicos en 1.836, contrayendo la Hermandad, eso si, la obligación de velar por la conservación del templo. Sabedor de éste ineludible deber la Junta de Gobierno, ha iniciado desde el primer momento importantes reparaciones, dotándolo de las dependencias necesarias para use de la Hermandad y de los fieles devotos, sobresaliendo el salón de cabildo, el salón de junta, sala de exposición y secretaria, labor importantísima iniciadas por el que fue su Rector D. Manuel Ponce Olías.

Como ultimo acontecimiento trascendente en la vida de la Hermandad del Stmo. Cristo de San Pedro, hemos de señalar la fusión con la Hermandad de Ntra. Sra. del Rosario, la cual había desaparecido por inactividad, siendo la del Stmo. Cristo de San Pedro quien se responsabilizó de los cultos y procesiones, para que no decayera tan antigua devoción.

La hermandad de Ntra. Sra. del Rosario, establecida canónicamente en el templo de San Pedro Mártir, le fueron aprobadas sus reglas, como Hermandad de Gloria, el 22 de marzo de 1.556, permaneciendo siempre en este templo en estrecha y fraternal convivencia con la del Santísimo Cristo de San Pedro. La Hermandad gozó en tiempos de mucho esplendor y su Imagen la devoción de todo el pueblo de Marchena. Con la exclaustración de los dominicos se inicia un periodo de decadencia y de abandono, acrecentándose a mediados de este siglo, para desaparecer más tarde.

Por diferentes Pontífices, le fueron concedidas un extenso Sumario y un Diario de Indulgencias, los cuales fueron impresos por la Hermandad de Ntra. Sra. del Rosario en los años 1.858 y 1.859 respectivamente. Un Breve de su Santidad Benedictus XIII, expedido el 10 de abril de 1.725, para que los Conventos de la Orden de Predicadores, puedan todos los años señalar calles y templos en los que pueda entrar y salir la Imagen de Nuestra Señora del Rosario, el primer domingo de octubre, sin que para ello sea necesario la Cruz de la Parroquia ni licencia ordinaria. La Hermandad conserva esta Bula, así como un acta de 6 de octubre de 1.726 dando cuenta a la Hermandad del contenido de la misma, señalándose las calles y templos que visitó en su procesión aquel año.

Libro de Reglas (Capitulo I)